Trong vài năm sau đó, Diêu Trường đã không thể kiểm soát hoàn toàn khu vực, lúc này các tướng người Đê, Khương, Hung Nô và Hán vẫn duy trì tình trạng bán độc lập trên khắp khu vực. Hơn nữa, vào năm 386, một thành viên đằng xa của hoàng tộc họ Phù của Tiền Tần là Phù Đăng đã nổi lên ở đông bộ Cam Túc ngày nay và chống lại Diêu Trường. Sau cái chết của con trai Phù Kiên là Phù Phi trong cùng năm, Phù Đăng đã xưng đế và trở thành đối thủ chính của Diêu Trường. Phù Đăng sử dụng việc Diêu Trường giết chết Phù Kiên để lấy lòng người, và trong nhiều năm ông ta đã khá thành công trong các trận chiến với Diêu Trường, mặc dù vậy cả hai bên đều không thể đánh bại nhau hoàn toàn. Tuy nhiên, Diêu Trường đã có thể lợi dụng tính thận trọng của Phù Đăng để dần đánh bại các tướng Tiền Tần khác trong khu vực. Giả dụ như vào năm 387, sau khi tướng Tiền Tần là Phù Toản (苻纂) bị huynh đệ là Phù Sư Nô (苻師奴) giết, Diêu Trường đã nắm lấy cơ hội này để nhanh chóng tiến đánh Phù Sư Nô và đã đánh bại được Phù, thu giữ được binh lính của người này. Cũng vào thời điểm này, Diêu Trường đã chiếm được các thành còn lại của Tây Yên ở phía tây Hoàng Hà.

Năm 389, sau khi thua vài trận trước Tiền Tần, Diêu Trường trở nên lo sợ và nghĩ rằng linh hồn của Phù Kiên đã giúp đỡ cho quân Tiền Tần, do đó, ông cũng làm theo Phù Đăng là làm một hình nộm của Phù Kiên và thờ phụng, tuyên bố ông giết chết Phù Kiên chỉ là để trả thù cho anh trai Diêu Tương và mong nhận được sự tha thứ. Song điều này đã không giúp được Diêu Trường và ông cuối cùng ông đã cắt đầu của hình nộm và gửi đến chỗ Phù Đăng. Cuối năm đó, trong khi Phù Đăng đang gây sức ép với Diêu Trường, Diêu Trường đã cho thực hiện một cuộc tấn công bất ngờ vào ban đêm, tiến đánh căn cứ hậu cần Đại Giới (大界, nay thuộc Hàm Dương, Thiểm Tây) của quân Tiền Yên, chiếm thành và bắt giữ Mao Hoàng hậu và giết chết hai con trai của Phù Đăng là Phù Biện (苻弁) và Phù Thượng (苻尚). Ban đầu, Diêu Trường muốn Mao Hoàng hậu trở thành thê thiếp của mình, song sau khi bị bà nguyền rủa, ông đã cho giết chết bà. Trong khi đó, quân Hậu Tần và Tiền Tần tiếp tục lâm vào thế bế tắc trong vài năm sau đó, song Phù Đăng đã không còn có thể đe dọa một lần nữa đến sự tồn vong của Hậu Tần từ thời điểm này.

Năm 392, Diêu Trường lâm bệnh, và khi Phù Đăng biết được tin này, ông ta đã cho mở một cuộc tấn công vào thành An Định (安定, nay thuộc Bình Lương, Cam Túc), song Diêu Trường bất chấp việc bị ốm, vẫn đối mặt với Phù Đăng trong trận chiến, và cuối cùng Phù Đăng đã buộc phải rút lui. Khoảng tết năm 394, Diêu Trường qua đời, Diêu Hưng lên kế vị.